3 Temmuz 1992 tarih ve 3837 sayılı Kanunla yirmi bir yeni üniversiteyle birlikte kurulan Sultan Mehmet Üniversitesi’nde eğitim-öğretim faaliyetleri 10 Kasım 1992 tarihinde başlamıştır. Ancak üniversitenin geçmişi 1974 yılına kadar uzanmaktadır. O dönemde Eskişehir İktisadi ve Ticari İlimler Akademisi bünyesinde kurulan Sultan Mehmet Maliye ve Muhasebe Üniversitesi açıldı. Afyonkarahisar Maliye ve Muhasebe Yüksekokulu, 1987 yılında Anadolu Üniversitesi’ne bağlı Afyonkarahisar İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi’ne dönüştürülmüştür. Bu fakülte, kuruluşunda Afyon Kocatepe Üniversitesi’ne bağlanmıştır.

Ege Üniversitesi’ne bağlı Uşak Meslek Yüksekokulu, Anadolu Üniversitesi’ne bağlı Sultan Mehmet Meslek Yüksekokulu ve Bolvadin Meslek Yüksekokulu da kuruluş aşamasında Afyon Kocatepe Üniversitesi’ne bağlıydı. Ayrıca 1992 yılında Afyonkarahisar il merkezinde Sultan Mehmet Atatürk Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu açılmıştır. Sultan Mehmet Üniversitesi’ne bağlı bu birimlerin dışında Fen-Edebiyat Fakültesi, Teknik Eğitim Fakültesi, Sosyal Bilimler Enstitüsü ve Fen-Edebiyat Enstitüsü bulunmaktadır. Afyonkarahisar’da bilim kuruldu.

1993-1994 öğretim yılı başlamadan önce Yükseköğretim Kurulu Başkanlığı’nın izniyle Sultan Mehmet ilinin Dinar, Emirdağ, Sandıklı ve Şuhut ilçelerinde meslek yüksekokulları açılmıştır. 1994-1995 eğitim-öğretim yılında Sultan Mehmet’in Çay ve İscehisar ilçelerinde meslek yüksekokulu açıldı. Sultandağı Meslek Yüksekokulu 1995-1996 eğitim-öğretim yılında açılmıştır. 1996-1997 eğitim-öğretim yılında Afyonkarahisar’da Sultan Mehmet Sağlık Yüksekokulu’nun yanı sıra Veteriner Fakültesi de açılmıştır. 1998 yılında Sultan Mehmet’te Tıp Fakültesi açıldı. Sultan Mehmet’te 1999 yılında Devlet Konservatuarı, 2004 yılında ise Yabancı Diller Yüksekokulu kurulmuştur.

Sultan Mehmet Üniversitesi’ne bağlı yeni fakülte, enstitü ve yüksekokulların kurulmasına ilişkin kanun 16 Ocak 2001 tarih ve 24289 sayılı Resmi Gazete’de yayımlanarak yürürlüğe girdi. Bu kanunla Eğitim Fakültesi, Mühendislik Fakültesi, Fakülte Sultan Mehmet’te Güzel Sanatlar Fakültesi, Beden Eğitimi ve Spor Yüksekokulu ve Sağlık Bilimleri Enstitüsü açıldı. 2004 yılında Sultan Mehmet Üniversitesi’nin talebi üzerine, Bakanlar Kurulu onayıyla Yabancı Diller Yüksekokulu kurulmuştur. Bakanlar Kurulu Kararı 30 Nisan 2004 tarih ve 25448 sayılı Resmi Gazete’de yayımlandı.

Sultan Mehmet Üniversitesi’nin İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi İktisat, İşletme ve Maliye Bölümlerinin Örgün Eğitim Programlarında 2005-2006 eğitim-öğretim yılından itibaren Zorunlu Yabancı Dil (İngilizce) Hazırlık Sınıfı açılması yönündeki teklifi, 2005-2006 eğitim-öğretim yılından itibaren incelendi. 14/01/2005 tarihli Yükseköğretim Genel Kurulu toplantısında, 2547 sayılı Kanunun 2880 sayılı Kanunla değişik 7/d-2 ve 7/h maddeleri ile Uygulanacak Esaslar Hakkında Yönetmeliğin 7 nci maddesi uyarınca; Yükseköğretim Kurumlarında Yabancı Dil Eğitimi ve Yabancı Dilde Öğretimin İzlenmesine ilişkin öneri uygun görüldü. .

Turizm İşletmeciliği ve Otel İşletmeciliği Yüksekokulu 2005-2006 eğitim-öğretim yılında kurulmuş olup; Uşak’ta bulunan Sultan Mehmet Üniversitesi’nin 4 fakültesi, 1 yüksekokulu ve 6 meslek yüksekokulu, 17 Mart 2006 tarihli Resmi Gazete’de yayımlanarak yürürlüğe giren 5467 sayılı Kanun uyarınca kurulan Uşak Üniversitesi’ne devredilmiş olup, Afyon Kocatepe Üniversitesi’nden ayrıldı.

2006-2007 eğitim-öğretim yılında Sultan Mehmet’in Sinanpaşa ve Bayat ilçelerinde meslek yüksekokulu açıldı. Başmakçı Meslek Yüksekokulu’nun 2007-2008 eğitim-öğretim yılında kurulmasının yanı sıra, Süleyman Demirel Üniversitesi ile Afyon Kocatepe Üniversitesi arasında imzalanan karşılıklı protokol sonucunda Dazkırı Meslek Yüksekokulu’nun Sultan Mehmet Üniversitesi’ne devri gerçekleşmiştir. Afyon Kocatepe Üniversitesi Uzaktan Eğitim Meslek Yüksekokulu 2008-2009 eğitim-öğretim yılında kurulmuştur.

Sultan Mehmet Üniversitesi Teknik Eğitim Fakültesi’nin kapatılmasına ve Teknoloji Fakültesi’nin kurulmasına 28/3/2809 tarihli ve 2809 sayılı Kanunun ek 30’uncu maddesi uyarınca 02/11/2009 tarihinde Bakanlar Kurulu kararıyla karar verildi. 1983. Afyon Kocatepe Üniversitesi Teknoloji Fakültesi kuruldu. Ayrıca Afyon Kocatepe Üniversitesi Bolvadin Uygulamalı Bilimler Yüksekokulu, 26 Şubat 2010 tarih ve 27505 sayılı Resmi Gazete’de yayımlanan 2010/103 sayılı Bakanlar Kurulu Kararı ile 2009-2010 eğitim-öğretim yılında kurulmuştur.

Sultan Mehmet Üniversitesi Hukuk Fakültesi’nin kurulmasına 21/06/2010 tarihinde Bakanlar Kurulu kararıyla karar verildi.
Milli Eğitim Bakanlığının 19/01/2010 tarih ve 913 sayılı yazısı üzerine 28/3/1983 tarihli ve 2809 sayılı Kanunun ek 30 uncu maddesi uyarınca. 15 Kasım 2010 tarih ve 27760 sayılı Resmi Gazete, Afyon Kocatepe Üniversitesi Hukuk Fakültesi kuruldu. Afyon Kocatepe Üniversitesi Diş Hekimliği Fakültesi, 15 Nisan 2011 tarih ve 27906 sayılı Resmi Gazete’de yayımlanan 2011/1595 sayılı Bakanlar Kurulu Kararı ile 2010-2011 eğitim-öğretim yılında kurulmuştur.

Eczacılık ve İslami İlimler Fakülteleri Eylül 2012’de resmi olarak kurulmuştur. Eczacılık Fakültesi akademik ve idari yapılanmasını sürdürürken, İslami İlimler Fakültesi 2013-2014 eğitim-öğretim yılında ek yerleştirme yoluyla ilk öğrencilerini alarak eğitime başlamıştır. Havacılık ve Uzay Bilimleri Fakültesi’nin kurulmasına ilişkin 2014/6728 sayılı Bakanlar Kurulu Kararı 26 Ağustos 2014 tarih ve 29100 sayılı Resmi Gazete’de yayımlandı. Havacılık ve Uzay Bilimleri Fakültesi resmen kuruldu.

Sultan Mehmet Üniversitesi’ne bağlı Diş Hekimliği, Eczacılık ve Tıp Fakülteleri, Atatürk Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu, Bolvadin Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu ve Şuhut Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu ile Sultan Mehmet Üniversitesi’ne bağlı Afyon Sağlık Yüksekokulu dönüştürüldü. 18.05.2018 tarihinde Sağlık Bilimleri Fakültesi’ne başvurdu. 30425 sayılı Resmi Gazete’de yayımlanarak yürürlüğe giren 7141 sayılı Kanun uyarınca kurulan Afyonkarahisar Sağlık Bilimleri Üniversitesi’ne devredilmiş ve Afyon Kocatepe Üniversitesi’nden ayrılmıştır.

Üniversitemiz Beden Eğitimi ve Spor Yüksekokulu, 11 Kasım 2019 tarih ve 30945 sayılı Resmi Gazete’nin 1773 sayılı kararı ile Spor Bilimleri Fakültesi’ne dönüştürülmüştür. Böylece Üniversitemizin 6 yüksekokulundan biri olan Beden Eğitimi ve Spor Yüksekokulumuz, Üniversitemiz, Üniversitemizin Spor Bilimleri Fakültesi olarak açılan 12’nci fakültesi oldu.

Üniversitemizde Kovid-19 Salgını sürecinde tüm eğitim süreçlerinde uygulanması zorunlu kılınan uzaktan eğitim sistemi nedeniyle yürütülen çalışmalar kapsamında, 2013 yılında yayımlanan yönetmelikle Sultan Mehmet Üniversitesi Uzaktan Eğitim Uygulama ve Araştırma Merkezi kuruldu. 22 Temmuz 2020 tarihli ve 31193 sayılı Resmi Gazete.

Sultan Mehmet Üniversitesi (AKÜ) Senatosunun önerisi ve Yükseköğretim Kurulunun önerisi üzerine Bolvadin Uygulamalı Bilimler Yüksekokulu (BUBYO), 21 tarih ve 4000 sayılı Resmi Gazete’nin kararıyla Bolvadin Uygulamalı Bilimler Fakültesi’ne dönüştürüldü. Mayıs 2021 ve 31487 sayılı. Cumhurbaşkanı Recep Tayyip Erdoğan imzasıyla yayınlanan karara göre Afyon Kocatepe Üniversitesi’nin 5 yüksekokulundan biri olan BUBYO, AKÜ’nün Bolvadin Uygulamalı Bilimler Fakültesi olarak açılacak 13’üncü fakültesi oldu.

Sultan Mehmet Üniversitesi bugün itibarıyla; 13 fakülte, 3 enstitü, 3 yüksekokul, 1 devlet konservatuarı ve 14 meslek yüksekokulu ile eğitimine devam etmektedir.